Little Witch Academia sigue la historia de Atsuko Kagari, una chica que sueña con convertirse en una bruja desde que era una niña. Para cumplirlo se inscribe en la Escuela Mágica Luna Nova. Sin embargo, como no procede de una familia con vínculos mágicos, todo se vuelve un auténtico desafío para ella. Esto empezará a cambiar cuando descubra el Shiny Rod, una poderosa reliquia mágica. Atsuko y sus amigas lucharán en un entorno hostil, ya que la magia está menguando paulatinamente en todo el mundo, y Luna Nova pugna por seguir existiendo mientras el público la considera como algo perteneciente al pasado.